Une fin dont le premier volet s’est déroulé dès 1999, année où le MC Bigg Jus a faussé compagnie à ses camarades, à l’amiable, lesquels ont dû sortir seuls l’instrumental Little Johnny from the Hospital. L’année suivante, ce sont les derniers récalcitrants, le producteur et MC El-P et le DJ Mr. Len, qui décident d’un commun accord de mettre fin à leur aventure en commun. Outre le deuxième album déjà mentionné, il reste donc Funcrusher Plus, le classique du hip hop indépendant, que les méchants de Rawkus, que Co-Flow ont quitté en mauvais terme, refusent de rééditer.
La bonne nouvelle, toutefois, c’est la très bonne raison pour laquelle chaque membre a décidé de mettre fin à l’aventure. Les trois protagonistes étaient en effet trop absorbés par leurs projets solos pour continuer à avancer en commun. Côté Mr. Len, tout d’abord, la suite de l’aventure passe par un album chez Matador dont le titre est encore à déterminer, et par une collaboration avec Prince Paul. Côté Bigg Jus, un autre album solo, The Black Mamba Serum, est également prévu. Même chose pour El-P, avec Fantastic Damage, et de nombreux travaux de production, notamment pour Zack de la Rocha (ex -hum hum- Rage Against the Machine), Cannibal Ox et Aesop Rock.
La plupart de ces dernières sorties sont prévues sur le propre label d’El-P, Def Jux, sans doute l’écurie de hip hop indépendant phare de l’année 2001 si elle tient son très prometteur calendrier. Bigg Jus aussi continue l’aventure en créant son propre label, Subverse, sur lequel est déjà sorti le premier album très attendu des Micranots. Si Company Flow cesse donc définitivement son existence après un dernier concert au Bowery Ballroom de New-York en mars 2001, les trois membres semblent tous disposés à persévérer dans leur rôle de têtes de proue du hip hop indépendant.